Для установки модуля Let's Encrypt, войдите в Вашу панель управления ISPmanager под пользователем root.
Данные для входа и авторизации находятся в письме, которое Вы получили при активации Вашего сервера, либо в Вашем личном кабинете, раздел «Параметры Вашего VPS-сервера»
Войдите в раздел «Интеграция / Модули»
Нажмите на кнопку «Установить»
Дождитесь окончания установки модуля
Нажмите на кнопку «Ок»